從古至今，人類花費許多心力來探尋事物的本質。不論是哲學、宗教乃至於近代的科學在這方面的努力，不外乎是為了讓人們更認識自己、世界乃至於整個宇宙。到目前為止，人類對宇宙的認識已經有長足的進步。我們可以運用牛頓力學預測天體的運行，絲毫不差；而達爾文進化論也告訴我們物競天擇，優勝劣敗，生物演化最後留存下來的物種，也早就是由基因所決定，絶非偶然。
如果宇宙是按照必然的本質在運行，那麼非本質的偶然是否就應該被忽略的呢？近代科學的演進，告訴我們在宇宙必然性的背後，其實存在相對的隨機性。雖然宇宙在表相的物質巨觀層面上，似乎可以預測必然性，但在微觀的粒子層面上，卻是以我們很難理解的隨機方式在運作。
也就是說，事物的本質不見得是單一地存在，而是可能以多種完全不同的樣貌來呈現，甚至會看到客觀的本質與主觀的存在會產生相互的矛盾。特別是在最近在網路上的討論中，同人就很清楚地看到這樣的矛盾如此深刻地影響人們的想法與行為。
真實只有一個？
Dororo 說沒有「善」與「美」，「真」就不能稱之為真。同人認為不應該只用單一價值觀來否定另一種的價值觀，否則很容易造成偏頗，我相信我和 Dororo 只是彼此對「真」的定義不同。然而，她卻堅持即使定義不同，真實只有一個，它一直在那裡，不會有不同的標準，甚至批評提出不同觀點的同人只是活在自己創造的否定裡。
同人實在不懂我在什麼地方創造了自己的否定，難道只是因為主張「真」、「善」、「美」三種不同出發點要彼此尊重嗎？我實在很難相信這樣的批判是出自認同新時代理念的人。她這樣批評與她不同觀點的人，顯然已經陷入不是這個就是那個的暴政中，忽略了真理通常是既是這個，又是那個。就如同科學上的量子力學所揭露我們其實無法精確預知事物本然的真實狀態。
當你愈確定粒子的速度，粒子的位置就愈不可測，反之亦然。此為測不準原理。當你用粒子來觀察光，它就是粒子；當你用波來觀察光，它就是波。但如果光是粒子就不應該是波，是波就不應該為粒子，此為光的波粒二元性。所以對一件事我們如何能下如此絕對的定論？我們認為對的事情在別人眼裡中可能是錯的，根本沒辦法以單一的現象來評斷絕對的是非或對錯！
Dororo 應該是深受新時代觀念薰陶的朋友，但她卻那麼執著地用她的真實來否定他人的想法。同人認為她大概是忽略或是誤解奇蹟課程「凡真實必不受威脅」的意義。縱使在宇宙中存在堅定不移的真理，但同人相信這種最純粹的「至善意願」並不需要將意志力凌駕或強壓在不同層面的意識上。因為真理之所以是真理，是因為它的真實不虛，而非貶抑或排斥不同的觀念，這樣做只是對真理的扭曲而產生不容異己而產生幻象。
同人看到 Dororo 所堅信事物的本質與多元價值認同的存在產生矛盾，她選擇以排拒否定的方式來化解本質與存在的矛盾。代表她並沒有足夠的包容力來看「真」、「善」、「美」的三種不同語言的對話，以帶來思想、意志及情感的發展進程。真實只有一個的說法並不是錯誤，而是要因應不同存在實體創造屬於每個人獨特的本質。本質不拘於特定形式，它不只存在於理性的思想，也同樣存在於善念的意志與情感的感受之中，只在於你決定如何將它表現出來。
理性創造的奇跡
對於本質與存在的矛盾，同人感受比較深刻的是與 Zulu 的一段討論。在噗浪河道上，他引用韋納《控制論》的觀點，提到「任何一門科學的建立，都必須以非孤立現象的存在為前提。如果世界是由一個沒有理性的上帝所統治，他可以一陣心血來潮地作出一連串的奇跡，那麼，在這個世界裡，我們就要狼狽不堪地被迫等待每一個新災難的到來（韋納，控制論，p. 48）。」然後隨後提出評論：反過來說，自然現象符合數學真理本身就是一個最大的奇跡…對笛卡兒來說，這未必是不言而喻的。
同人懷疑「科學的建立必須以非孤立現象的存在為前提」的真確性，雖然以科學實證的精神來看，這樣的說法應該是無庸置疑的，但對於「孤立現象的存在」，我們能否能夠因為它與通過驗證的數學真理產生矛盾而否定它存在的可能性，並且認為世界存在非理性的奇跡，只會讓人們狼狽不堪地被迫等待災難的到來？其實科學無法證實的事物不見得代表它不存在，只能代表科學無法合理地解釋它的存在。同人認為因為無法證實孤立現象的存在而否定它，其實本身就是一種非理性的偏見。
以一般科學家所信奉實證主義來看，知名的宇宙物理學家史蒂芬霍金在《胡桃裡的宇宙》提到的科學實證的精神：
任何站得著腳的科學理論，不管研究的對象是時間或是其它概念，在我看來，應該都是根植於最實用的科學哲學：巴柏等哲學家所提出的實證主義。根據實證主義的看法，科學理論只是一個數學模型，其目的是描述並量化我們觀測到的現象。一個好的理論，能以少量假設當作基礎，描述大量的自然現象，並能做出明確的、可檢驗的預測。假如預測符合觀測結果，這個理論便通過這項檢驗，但我們永遠無法證明它是正確的。
另一方面，假如觀測結果不符合預測 我們就得放棄或修正這個理論 （至少按理應該這樣做才對，但實際上人們常會質疑觀測的精確度，以及主事者可靠程度與道德操守）。倘若你像我一樣接受實證主義，你就不能說時間真正是什麼，而是頂多只能說何者是時間極佳的數學模型，以及它做出些什麼預測。
－葉李華譯（2001），《胡桃裡的宇宙》，p.31，大塊文化。
實證主義運用數學模型來解釋在世界發生的各種現象的可能性，並且透過預測與實驗來增加理論的說服力。但如果我們發現某個數學模型的推論符合真實世界的某個現象而未發生任何的矛盾，那麼它可不可以用來證明世界上的其它現象而不發生矛盾呢？答案是不一定，我們必須透過實驗才能確認數學模型推論的適用範圍。但科學的進展會不會進步到那一天，運用人類的理性，可以找到完全窮盡世界可能性的數學真理呢？
如果正如 Zulu 提到的推論，自然現象符合數學真理本身就是一個最大的奇跡。那麼對世界而言，這樣的奇跡到底是福還是禍？Zulu 認為主體對世界的影響還沒有結束，它的種種可能性也未必被完全窮盡，是福是禍還難論定。同人進一步問到世界的可能性會有被人類完全窮盡的一天嗎？Zulu 表示他沒法預測未來會發生什麼事情，但其實我們還是可以經由推論得知，人類應該是不可能窮盡世界所有的可能性。
為什麼呢？因為要窮盡世界所有的可能性，要嘛透過經驗來歸納、要嘛運用理性來演繹。歸納法須要仰賴人們對問題領域有足夠的了解，但問題是人類經驗總是有侷限的，而且我們很難知道未來會不會因為新的經驗，而修正我們現在的想法。但如果應用數理邏輯來演繹，只要我們可以找出可以用來證明一切真理的公理系統，然後運用嚴密而一致性的演算及邏輯推演，是不是就可以證得世界所有的真理？
但很不幸地，「哥德爾不完備定理」告訴我們找不到這樣的萬能公理。哥德爾證明了任何無矛盾的公理體系，只要它的強度足以容納初等算術的陳述，則必定存在一個不可判定命題，用這組公理不能在有限步內判定其真假。也就是說，「無矛盾」和「完備」是不能同時滿足：
第一不完備性定理：任意一個包含算術系統在內的形式系統中，都存在一個命題，它在這個系統中既不能被證明也不能被否定。
第二不完備性定理：任意一個包含算術系統的形式系統自身不能證明它本身的無矛盾性。[ref]百度百科編者(2006)，哥德爾不完全性定理，百度百科，最近更新日期: 2009/12/30.[/ref]
這告訴我們，沒有任何使用一階邏輯的公理系統，可以窮舉所有公理的可能性，而不會發生任何矛盾，當然它也沒辦法證明自己的一致性。也就是說，再如何嚴密的數學真理，總會有命題讓它無法證明或否認。因此，縱使我們無法預知人類將來會如何改寫奇跡，但我們可以確知可能性是永遠不會有定論，而且沒有完全絕對的真理可以判定其它真理的真偽。
相對性的世界
假如人類無法找到絕對的公理來窮舉世界所有的可能性，那就代表我們處在相對性的世界，而不應該用絕對的真理來看世界。當然，可能你也可能拿上面這句話來質疑同人，相對性世界的觀點到底是絕對的，還是相對的呢？因為哥德爾不完備定理的效果，我們沒有辦法用數理邏輯來證明或否認這句話的真確性。但我們仍然可以選擇體驗存在於自己所相信的世界，而且有趣的是，與我們抱持矛盾真理的人們，也可以選擇在他們的世界中實現他們的真理。
例如羅式幾何使用與歐式幾何的平行公設相互矛盾的公理，推導出與歐式幾何不同的結論，但後人證明出羅式幾何可以在歐幾里得空間的曲面上實現，也就是非歐幾何命題可以「翻譯」成相應的歐幾里得幾何命題。如果歐幾里得幾何沒有矛盾，非歐幾何也就自然沒有矛盾。[ref]維基百科編者 (2009). 雙曲幾何. Wikipedia, . Retrieved 05:54, 2月 3, 2010. [/ref]
如果人們可以認同歐氏幾何和非歐幾何，它們用矛盾的基本公理所導出的命題，同時都可以被視作嚴密而完善的幾何學。那麼我們為什麼不能接受存在的差異而接納或包容不同本質的存在呢？因此，彼此相互矛盾的真理，如果其中一個是正確的，不見得另一個就必然是錯誤的。
因為我們找不到絕對完備的真理，我們只能在相對性的世界運用它們，而不是用它們以絕對性的眼光來看待其它真理。任何真理都只是一種可能性，我們可以自由決定在什麼樣的可能性來運作我們的真理。
人類用理性創造的奇跡不見得比「未知的」上帝所創造的奇跡還來得真實、非孤立現象的存在不見得會比孤立現象的存在還更有價值、沒有「善」與「美」的真也不見得就不是「真」。以上的命題理性沒辦法證明它們是錯的，但情感上卻有可能因為人們的偏見而扭曲它們。
因此有時候真相也可能是，無法靠理性得到的經驗說不定會比理性的思考更真實、沒有統計量化支持的孤立現象的存在也不見得應該被棄缺、而會以意志或情感質疑別人的思想不是真理，本身就已經失去善與美的初心，只會離真理愈來愈遠。
科學與人文的交會點
世界從量子力學的「測不準原理」被發現以來，人們愈來愈發現世界充滿了無所不在的隨機性，宇宙無處不擲骰子。當然，我們可以用統計學來處理世界隨機性的問題，掌握世界應該還是有規則與定律可言。然而，當我們以客觀大尺度的數學模型來看宇宙定律的同時，可能會忽略了主觀而小尺度的個體感受；他們可能會無法承受混亂的隨機性加諸在他們身上的後果。
這些科學定律以外的意外並非不存在，而是因為孤立而被排除，所以科學真理的另一面也可能是事不關己的冷漠，從最近的新流感疾苗與美國牛的事件，我們也看到真理的產生，科學是必須與人文充分對話的。
同人認為，本質與存在的矛盾是為了讓人們找到科學與人文的交會點，就如同電影《心靈點滴》中的故事一樣。當在醫學院就讀的男主角看到女主角深受自己的影響，主動去關懷精神異常的病人卻慘遭殺害，他一度想放棄他的理想與努力；希望以關心病人為原則來強調人性尊嚴的醫學理念。
但正當他想放棄一切之際，一隻蝴蝶跟在他身邊飛舞，讓他想起女友曾經說過：「從小，我最羨慕毛毛蟲，因為牠有朝一日，能蛻變成美麗的蝴蝶，牠可以忘卻從前任何的傷痕，不復記憶。」他看到自己能帶給別人歡笑的奇妙天賦。於是他回到學校繼續堅持他的理想，想要扭轉醫學院以病名、病號稱呼病人冷漠的文化傳統。
不過，保守的醫學院長視他的存在為眼中盯，並且威脅要他退學。還好最後在他幫助過的病人幫助之下，終於成功挽救他差點被退學的危機，並且順利成功地拿到醫科學位。在畢業後成立一個「健康中心」，徹底實踐他的理念，為病人建立一個充滿關懷和歡笑的醫療環境。
本質與存在的矛盾是個體的生命課題，它沒辦法用邏輯、理論、或是任何群體的道德觀點來評斷是非，而只有在面對疑懼中，面對自己展現個體決定的生命本質。我們必須先成為我們自己，才能在思言行當中展現出屬於自己的生命本質。但存在如果沒有意識到矛盾，就沒辦法創造更有意義的價值。因此在科學本質必然性的另外一面，不可忽略的是面對偶然存在的人文思考呀。
